Sequenzanalyse mit EMBOSS
Kein Zweifel - in der Welt der Bioinformatik hat das Betriebsystem "Windows" keinen Platz hat! Dass man dieses oder jenes Programm kurz mal hierhin oder dorthin "implementiert" und dann direkt von der UNIX-Shell aus startet, wird als vollkommen normal betrachtet und manch ein Mausschubser steht da nur gleichermaßen staunend und hilflos daneben.
Wer wie ich zu den Menschen gehört, die nicht mit einem Pinguin auf dem Bauch geboren wurden, soll dennoch nicht verzweifeln - es gibt sie, die
EMBOSS-Version für Windows!
Was aber kann EMBOSS eigentlich?
Betrachtet man das "About EMBOSS", so erhält man folgende Antwort:
* Sequence alignment,
* Rapid database searching with sequence patterns,
* Protein motif identification, including domain analysis,
* Nucleotide sequence pattern analysis---for example to identify CpG islands or repeats,
* Codon usage analysis for small genomes,
* Rapid identification of sequence patterns in large scale sequence sets,
* Presentation tools for publication
Soll heißen:
* Vergleich von Sequenzen, die der Benutzer eingibt bzw. die in der Datenbank gespeichert sind,
* Schnelles Durchsuchen von Datenbanken anhand von bekannten/ vorgegebenen Sequenzen,
* Erkennen typischer Motive und Domainen von Proteinen
* Untersuchung von DNA-Sequenzen, z.B. auf das Vorhandensein von "CpG islands" oder sich wiederholenden Strukturen,
* ??....Analyse kleiner Genome.... Gebrauch von Codons.... ??
* ?? Schnelles Erkennen von bestimmten Sequenzen in großen Datenmengen??
* Präsentations- und Publikationswerkzeuge
Genau wie ein Meterstab nicht in den Griff eines Hammers integriert und am anderen Ende als Bohrer zu nutzen ist, sind auch nicht alle diese Funktionen in einem einzigen Programm untergebracht, sondern vielmehr wie Werkzeuge in einem Werkzeugkasten zu verstehen. EMBOSS ist dieser Werkzeugkasten und damit man, wenn man ein bestimmtes Werkzeug sucht, nicht stundenlang wühlen muss, ist er in verschiedene "Fächer" unterteilt.
Wir haben nun also insgesamt folgende Struktur:
...in Arbeit!
